こんなエラーが出た。

Build path contains duplicate entry: 'org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER/org.eclipse.jdt.internal.debug.ui.launcher.StandardVMType/JavaSE-1.8' for project 'SomeProj'

実際に Properties -> Java Build Path -> Libraries を確認すると JRE System Library [Java SE 8 [1.8.0_121]] が二つ存在していた。

clean しても再起動しても直らない。試しに片方削除したら JRE を参照できずコンパイルエラーの嵐。

両方とも削除して Add Library... -> JRE System Library -> Workspace default JRE を追加したら解決した。